经国务院批准，《财政部、国家税务总局关于若干农业生产资料征免增值税政策的通知》（ 财税[2001]113号）规定，为支持农业生产发展，就若干农业生产资料征免增值税。至今还生效的农业生产资料包括批发和零售的种子、种苗、农药、农机等。营改增以后，又出台了一些对技术开发服务等免税的规定，政策目的应该是一致的，即支持相关产业发展。
《财政部 国家税务总局关于财政性资金 行政事业性收费 政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》将直接减免的增值税作为政府支出的“财政性资金”，要求企业除特别规定外，一律将直接减免的增值税计入应纳税所得额计征增值税。
一、直接免税主体是谁？
问题来了，直接减免的税，是给谁减免了？
只看财税[2001]113号文，对农业生产资料免税，还真不知道对谁免的税？
看条文目的，为了“支持农业生产发展”，那应该是对农业生产者免税，让生产者们以免税的低价格拿到生产资料，从而促进农业生产发展，这样逻辑就对上了。如果是这样的话，那让销售者交企业所得税就不合适了，因为没对销售者免税。按照最修订的会计准则，政府补助是来源于政府的经济利益流入。但根本没有经济利益流入，那就没有企业所得税的课税基础了。
但是，农业生产资料的批发零售商购进货物时，由于是免税项目，将相应进项税金都转到了货物成本里，货物售价必然是含税的，除非将所含进项税金退税，否则不可能对消费者免税。当然，这种情况只有货物出口后在公海上购买才能实现。
由于消费者购买到的农业生产资料必然是含税的，也就排除了对消费者免税的可能，那只能是对销售者免税了。
二、直接免税和即征即退的异同
从减免程序来看，直接免税，就是享受优惠的纳税人在产生纳税义务的情况下，法律规定直接免除其缴纳义务；即征即退，就是产生纳税义务以后先缴纳入库，然后再从国库中退给纳税人。两种减免方式，纳税人最后都不缴纳增值税，但直接减免明显程序上更便利纳税人。
从销售额来看，直接减免和即征即退两种方式的销售额都是含税的销售额。但对下游纳税人的效果是不一样的。直接减免方式下，增值税暂行条例规定不允许抵扣进项税额；而即征即退方式下，其销项税金可以被下游抵扣。直接减免情况下，销售额仍然是含税的，为什么不允许下游纳税人抵扣，令人费解。
直接减免增值税确认所得的困惑
举例说明（以笔者掌握的免税企业实际会计处理）：
B公司为销售农机的小规模纳税人，2014年销售收入60万（不含税），免征增值税1.8万。
会计分录如下 ：
借：银行存款 61.8万
贷：主营业务收入 60万
营业外收入—免征增值税 1.8万
这样，直接减免的增值税计入了应纳税所得额，缴了企业所得税。
B公司于2016年1月1日申请登记为一般纳税人。2016年全年购进货物100万，全部销售，年末库存为零。2016年销售收入200万。
购进：
借：库存商品 117万（含进项转出额17万）
贷：银行存款117万
销售：
借：银行存款234万
贷：主营业务收入 200万
营业外收入—免征增值税 34万
企业总收入234万，总成本117万，缴企业所得税29.25万；
如果采用即征即退的方式，主营业务利润100万，缴企业所得税25万；增值税缴17万退回后计入营业外收入，再缴企业所得税4.25万，总计缴纳企业所得税也是29.25万。
即征即退和直接减免两种方式，增值税都没有交，企业所得税都缴29.25万，自身税收总体效果似乎一样。
但至少有以下两个问题：
1.直接减免方式下，营业外收入—免征增值税科目是34万；即征即退方式下，营业外收入—免征增值税科目是17万。很明显，前者会计核算不能准确反映企业经营信息。虽然在案例极简假设下，双方缴税数额一样。但营业利润涉及到公益捐赠限额等税收因素，实质上仍然会影响企业所得税的核算。
2.既然直接免税和即征即退一样，购进和销售也都是含税的，为什么购进进项税额不能抵扣？销项税额不能开具专用发票，让下游抵扣？两种方式下，虽然都销售234万，但直接免税的下游纳税人承担的成本是234万，而即征即退的下游一般纳税人承担的成本是不含税的200万，相比之下 ，直接免征方式下销售方的销售价格的竞争力是很差的。说好的是支持产业发展，实质却是严重阻碍了产业发展。
两种模式相比，即征即退明显比直接免征实惠的多。
三、最佳解决方案
免税企业可分拆为两个主体，一个申请放弃免税（以下称征税主体），一个申请适用免税（以下称免税主体）。以征税主体的名义购进所有货物，进项税金可以抵扣。如果客户是一般纳税人，由征税主体销售，在为其开具增值税专用发票的情况下，可以适当提高价格，因为客户可以抵扣进项税金；如果客户是小规模纳税人，那征税主体将货物平价销给免税主体，或由免税主体直接从上游进货，享受免征增值税优惠。
这种增加纳税人经营成本的税制设计，明显造成了税收的超额负担，理应改进。
四、改进建议
直接免征政策的目的是为了支持产业发展，这点不容怀疑。但不能抵扣进项税金也不能开具专用发票的政策设计实在令人费解。
不允许下游纳税人抵扣进项税金的正当理由可能有两个，一是货物或劳务服务本身不含税，所以无税额可以传递；二是下游纳税人是增值税链条的最终环节，无法继续传递，所以本环节的传递也没有意义了。显然，直接免税项目必然不属于以上第一种情况，但有可能属于第二种情况。这种设计违反了增值税的原理和运行机制，必将阻碍和干扰企业的经营。
理想的直接免税应该是加强版的即征即退。即可以抵扣进项税金，也可以开具增值税专用发票供下游抵扣。产生应纳税额后直接免征，计入营业外收入计征企业所得税。
直接免征增值税政策的目的初衷就是减免销售方应该交纳的增值税，除此之外的其他设计，比如不能抵扣进项，不能开具增值税专用发票，就目前的分析来看，没有任何存在的价值，应予以改进。
本文来源于明税研究中心，作者小郭说税。